本人自学，如有错漏欢迎讨论。
一、Open Babel的安装
点我即可直达下载链接，由于网站是github，所以可能需要科学上网。
下载.exe文件即可，现在电脑大部分都是64位的了。所以一般下OpenBabel-3.1.1-x64.exe即可。
下载完成之后双击安装即可。
二、格式转换代码
打开你存放小分子的文件夹。点一下图中所示的红色框，直接输入cmd，然后按回车。就会弹出命令提示行。 输入如下转化代码（以文件里的所有sdf文件为例）
obabel *.sdf -O *.pdbqt -h -xb
即可转换完成。输入时注意大小写。 转换其他格式只需将*.sdf改为其他的即可。
三、一点问题需要讨论
本代码使用了-h代替使用Autodock Tool的加氢，使用-xb代替了设置可旋转键的操作是否正确。由于小分子较多，使用Open Babel和Autodock Tool两个工具转换出来的效果是否一样，是否影响结果，需要进一步考虑由于都是自学的，刚开始接触，目前来说只能说是可以完成任务。至于对不对就很难说了。网上查了半天，也没找到相关教程。而且大牛们用的都是Linux系统，win10的教程很少。希望可以和大家一起讨论，一起学习，共同进步吧！